Den svenske 24-åringen har varit borta tidigare below säsongen med ljumskproblem och enligt medieuppgifter behöver han opereras efter säsongen. När han varit hel och frisk och kunnat spela har det blivit 14 mål i 25 tävlingsmatcher för Newcastle.
Efter 64 minuter var det färdigspelat för Isak på Emirates Stadium.
Arsenal bjöds på första målet då Newcastles Sven Botman gjorde självmål efter en hörna i den 18:e minuten.
Intercourse minuter senare sköt Kai Havertz 2–0.
Med 25 ordinarie minuter kvar punkterade Bukayo Saka matchen med sitt mål som betydde 3–0. Och fem minuter senare satte Jakub Kiwior 4–0 på hörna. I 84:e minuten tröstmålade gästerna genom den förre Arsenalspelaren Joe Willock.
Arsenal är kvar på tredje plats, men nu bara en poäng från Manchester Metropolis och två från Liverpool.
