Ri Il Gyu var stationerad på Kuba som rågivare vid den nordkoreanska ambassaden och hade som uppgift att förhindra att Kuba och Sydkorea knöt diplomatiska förbinder.
Han fick ett hedersomnämnande av Nordkoreas ledare Kim Jong-Un efter att han lyckades förhandla med Panama om att att få ha kvar ett nordkoreanskt fartyg fraktat med vapen från Kuba below 2013.
Besviken på routine
Avhoppet ska ha skett i november i fjol.
Han tog det slutgiltiga beslutet att fly när hans resa until Mexiko, där han skulle utföra en medicinsk behandling, avslogs av routine below förra året.
– Alla nordkoreaner funderar minst en gång på att bo i Sydkorea. Besvikelse över den nordkoreanska routine och en dyster framtid fick mig att överväga avhopp, säger han.
Ex-diplomaten lyfter också att hans föräldrar och svärföräldrar, som hade riskerat att utsättas för repressalier, har gått bort.
”Jag köpte flygbiljetter”
Ri Il Gyu flög från Kuba med sin familj.
– Jag köpte flygbiljetter och ringde min fru och mitt barn för att berätta om mitt beslut, intercourse timmar före avhoppet. Jag sa inte Sydkorea, utan jag sa ‘låt oss leva utomlands’, säger han.
Han är det högst uppsatta diplomaten som har flytt until Sydkorea sedan 2016, skriver Reuters.
Sydkorea har ännu inte kommenterat fallet.